Gimnazjum starało się o przyjęcie do Małopolskiej Sieci Szkół od roku szkolnego 2003/2004. W 2004 roku otrzymało Certyfikat Szkoły Promującej Zdrowie Ziemi Tarnowskiej i od tego czasu ubiegało się o przyjęcie do Małopolskiej Sieci Szkół Promujących Zdrowie, poprzez realizację Szkolnego Programu Promocji Zdrowia, w ramach zajęć lekcyjnych i pozalekcyjnych, projektów edukacyjnych, np. "Czy wiesz, co jesz?", "Trzymaj formę" realizowanym wspólnie z tarnowskim Sanepidem.

Gimnazjaliści włączyli się również w realizację programu edukacyjnego "Już dzisiaj mogę zadbać o zdrowie mojego przyszłego dziecka". Uczniowie brali udział w konkursach związanych ze zdrowym stylem życia. Ciekawą formą promocji zdrowia cieszącą się dużą popularnością wśród gimnazjalistów "szóstki" były wyjazdy na białą (Białka Tatrzańska), zieloną szkołę (do Ośrodka Edukacji Ekologicznej w Piaskach koło Krynicy Morskiej). Jeden z uczniów wspomina: "Do dziś z prawdziwym sentymentem wspominam wspólnie spędzone chwile z koleżankami, kolegami, opiekunami w przepięknej nadmorskiej miejscowości. Wspaniałe warunki klimatyczne, bliskość przyrody, spacery nadmorską plażą, pozostaną na długo w mojej pamięci."

Po upływie trzech lat przynależności do Sieci Szkół Promujących Zdrowie Ziemi Tarnowskiej Gimnazjum nr 6 im. Jana Pawła II zostało przyjęte do Małopolskiej Sieci Szkół Promujące Zdrowie, co zostało potwierdzone Certyfikatem. Cały projekt koordynowany był przez panią Beatę Menderak.